பழநி மலைக்கோயிலில் நாள்தோறும் 6 கால பூஜைகள் நடக்கிறது. அவை வருமாறு:

துவார விநாயகர் தீபாராதனையும், பள்ளியறை தீபாராதனையும் முடிந்த பின்னர் உள்ளிருக்கும் பழநியாண்டவருக்கு தீபாராதனை செய்யப்படும். மூலவரின் திருமேனியில் சாத்தப்பட்ட ராக்கால சந்தனமும், கவுபீனத் தீர்த்தமும் பக்தர்களுக்கு பிரசாதமாக வழங்கப்படுகிறது. இந்த சந்தனமும், தீர்த்தமும் பக்தர்களின் மனக்குறை மற்றும் உடற்பிணிகளை தீர்க்கும் மகத்துவம் உடையதாக கருதப்படுகிறது. விஸ்வரூப தரிசனத்தின்போது முருகனுக்கு ஓதுவார்கள் திருப்பள்ளி எழுச்சி பாடல்களை பாடுகின்றனர்.

விளா பூஜை: விளா பூஜை காலை 7.15 மணிக்கு செய்யப்படும். புனிதசொல் மொழிந்து, 4 திசைகளிலும் புனிதநீர் தெளித்த பின்பு, அர்த்தமண்டபத்திலுள்ள சொர்க்க விநாயகருக்கு அபிஷேகம், அலங்காரம் செய்யப்படும். பின், மூலவருக்கு இடதுபக்கத்தில் படிகலிங்க வடிவில் உள்ள ஈஸ்வரன்- அம்பிகைக்கும் அபிஷேகம் நடைபெறும். இக்காலத்தில் பழநியாண்டவருக்கு காவி உடையோடு வைதீக கோலத்தில் அலங்காரம் செய்யப்படும். விளா பூஜையின் போது ஓதுவார்கள் பஞ்சபுராணங்கள் பாடுகின்றனர்.

சிறுகால சந்தி: சிறுகால சந்தி காலை 8 மணிக்கு நடைபெறும் பூஜை. முருகனுக்கு அபிஷேகம், அலங்காரம் அர்ச்சனைக்கு பின் நைவேத்தியம், ஏக தீபாராதனை காட்டி பக்தர்களுக்கு பிரசாதம் வழங்கப்படும். சிறுகால சந்தி பூஜையில் குழந்தை வடிவில் பழநியாண்டவருக்கு அலங்காரம் செய்யப்படுகிறது.

உச்சிகால பூஜை: உச்சிகால பூஜை பகல் 12 மணிக்கு நடைபெறுவதாகும். பழநியாண்டவருக்கு அபிஷேக அலங்கார அர்ச்சனைகளுககு பின் தளிகை நைவேத்தியம் செய்து 16 வகையான தீபாராதனையும், சிறப்பு போற்றுதல்களும் செய்யப்பட்டு பக்தர்களுக்கு பிரசாதம் வழங்கப்படுகிறது. உச்சிகால பூஜையில் பழநியாண்டவருக்கு கிரீடத்துடன் கூடிய அலங்காரம் செய்யப்படும். குடை, வெண்சாமரம், கண்ணாடி, சேவற்கொடி, விசிறி, ஆலவட்டம் முதலியன பழநி முருகனுக்கு உச்சிகாலத்தில் காட்டப்படுகின்றன. உச்சிகால வழிபாடு பழநி கோயிலில் சிறப்புக்குரிய வழிபாடாக கருதப்படுகின்றன. உச்சிகால பூஜையின்போது தேவார பாடல்கள் பாடப்படுகின்றன.

சாயரட்சை பூஜை: சாயரட்சை பூஜை மாலை 5.30 மணிக்கு மூலவருக்கு செய்யும் பூஜையாகும். பழநி முருகனுக்கு அபிஷேக அலங்கார அர்ச்சனைகளுககு பின் 16 வகை தீபாராதனைகளும், சிறப்பு போற்றுதல்களும் நடைபெறும். இக்காலத்தில் பழநியாண்டவருக்கு அரச கோலத்தில் அலங்காரம் செய்யப்படும்.

ராக்கால பூஜை: இரவு 8 மணிக்கு இராக்கால பூஜை நடைபெறும். அபிஷேக, அலங்கார, ஆராதனைக்குப் பின் நைவேத்தியம் செய்து, ஏக தீபாராதனை முடிந்த பின்னர், பக்தர்களுக்கு பிரசாதம் வழங்கப்படுவது மரபு. இந்த பூஜையின்போது பழநியாண்டவருக்க விருத்தன் வடிவில் அலங்காரம் செய்யப்படும். இந்த பூஜையின்போது தூய சந்தனம் முருகனின் திருமேனியில் பூசப்படுகின்றன. இதுவே, காலையில் விஸ்வரூப தரிசனத்தின்போது பக்தர்களுக்கு பிரசாதமாக வழங்கப்படுகின்றன.

தீபாராதனைக்கு பின் சுவாமியை பள்ளியறைக்கு எழுந்தருளச் செய்வர். திங்கள், வெள்ளி நாட்களில் உள் திருச்சுற்றில் தங்கப் பலக்கிலும், ஏனைய நாட்களில் நீராழிப் பத்தியில் வெள்ளி பல்லக்கிலும் பழநியாண்டவர்  எழுந்தருளவர். பள்ளியறைக்கு புகுமின் கோயிலின் அன்றாட வரவு- செலவு படிக்கப்படுவது மரபாக கடைபிடிக்கப்பட்டு வருகிறது. கார்த்திகை மற்றும் திருவிழா காலங்களில் காலபூஜைகளின் நேரங்கள் மாற்றப்படுகின்றன.